Kirkubæjarstofa var stofnuð sem rannsókna- og menningarsetur á Kirkjubæjarklaustri að frumkvæði dugmikilla heimamanna með dyggum stuðningi nokkurra áhugasamra vísindamanna, sem hafa stundað hluta af rannóknum sínum á vettvangi í héraðinu. Telja þessir frumkvöðlar að náttúra og saga héraðsins sé um margt svo sérstæð að full ástæða sé til að hafa í aðstöðu til að tengja störf vísindafólks á vettvangi héraðinu enn sterkari böndum og skapa um leið betri aðstöðu til að kynna hina sérstæðu náttúru og sögu fyrir gestum héraðsins.
Starfsemi Kirkjubæjarstofu hófst 1.júli 1997, þá hafði verkefnisstjórn unnið að undirbúningi starfseminnar frá 1. mars 1997. Stofnuð hefur verið sjálfseignarstofnunin Kirkjubæjarstofa, sem hefur komið upp húsnæði og aðstöðu fyrir starfsemi stofunnar á Kirkjubæjarklaustri. Einnig hefur verið tilnefnd ráðgjafanefnd fyrir starfsemina og í þeirri ráðgjafanefnd eiga eftirtaldar stofnanir fulltrúa:
Háskóli Íslands og ýmsar stofnanir hans, Landgræðsla ríkisins, Náttúrufræðistofnun Ísland, Náttúrustofa Suðurlands, Náttúruvernd ríkisins, Orkustofnun, Norræna Eldfjallastöðin, Landsvirkjun, Byggðastofnun, Umhverfisráðuneytið, Verðurstofa Íslands,Ferðamálaráð, Þjóðminjasafn Íslands.
Markmið starfseminnar er að efla og styðja rannsóknir og lifandi fræðslu um náttúrufar, sögu og menningu héraðsins. Lögð verður áhersla á starfsemin sé í fullu samræmi bæði við áherslur í stefnumörkun sveitarfélagsins og kröfur og aðstæður í nútíma upplýsingar– og þekkingarþjófélagi. Í því skyni hefur á árinu 2000 verið lögð megináhersla á uppbyggingu landupplýsingakerfis utan um upplýsingar um náttúrufar menningu og sögu héraðsins. Kirkjubæjarstofa hyggst einnig með starfsemi sinni stuðla að auknu streymi ferðafólks í héraðið og lengingu á viðverutíma þess með nýju og endurbættu sýningarefni.
Markmiðum þessum hyggst Kirkjubæjarstofa ná á eftirfarandi hátt :
1. Söfnun, flokkun og skráning gagna um náttúru, menningu og sögu héraðsins.
2. Öflun nýrrar þekkingar með þvi að stuðla að frekari rannsóknum í samstarfi við innlendar og erlendar vísindastofnanir.
3. Að standa fyrir ráðstefnum og fræðslufundum um náttúru, menningu og sögu og héraðsins.
4. Kynningar- og fræðslustarfsemi og rekstur sýningarsalar.
5. Efling ferðaþjónustu með samvinnu við ferðamálafélag Skaftárhrepps.
